Die Basilika San Flaviano geht zurück in die Römerzeit, denn an diesem Ort gab es nämlich eine Pferdestation mit einer Quelle an der wichtigen Straße Via Cassia nach Rom. Daraus entwickelte sich ein Dorf.
Man hat sichere Informationen aus dem 9. Jahrhundert, aus einem Schreiben von Papst Leone IV. … „Wir geben Dir, Bischof Virobono und Deinen Nachfolgern, die Santa Maria Kirche, wo der Körper des heiligen Flaviano liegt, mit seinem Dorf.“
1032 wurde die in der Goten- und Langobardenzeit zerstörte Santa Maria Kirche wieder aufgebaut und dem Märtyrer Flaviano geweiht. Eine Gedenktafel an der Fassade der Kirche informiert, dass durch den Großmut eines Herrn Lando und durch die Großzügigkeit des Volkes, diese Kirche neu gebaut wurde. Das ursprüngliche Gebäude zeigte Verbindungen mit der lombardischen Schule, aber auch einige architektonische Besonderheiten mit romanischen Tendenzen zu drei Schiffen mit rechteckigen Begrenzungslinien sowie zum radialen Grundriss in den Apsiden und im Baptisterium.
Man muss auch daran denken, welche Stellung auf dem Wallfahrtsweg diese Kirche hatte. Wo das Gebäude war, trafen sich nämlich viele römische Straßen. Für viele Leute, die nach Rom gingen, waren die Wallfahrtsstraßen mit ihren frommen Stationen Elemente des Glaubens. Entlang der Wege lehnen sich viele Kirchen an das heilige Grab in Jerusalem an, und manchmal haben sie auch ähnliche Namen, z.B. die Krypta des Anto Sepolcro in Acquapendente, um die Heiligkeit der Orte zu zeigen. Daher ist die Gestalt der ersten Kirche San Flaviano als Abbildung der Kirche in Jerusalem zu erklären. Der Grundriss der Kirche zeigt die ursprüngliche Funktion beider Räume: Baptisterium und Martyrium in der Unterkirche und Basilika und Kathedrale in der Oberkirche. Die Besonderheit der zwei Eingänge ist begründet durch dne Höhenunterschied des Platzes. Anfang des 14. Jahrhunderts wurde die Kirche verlängert, die den Bau zweier gotischer Pfeiler mit entsprechenden Spannweiten und einer neuen Fassade nötig machte.
Besonders in den Kapitellen der Unterkirche sind die Verbindungen mit der lombardischen Schule offensichtlich. Auch zeigen sie byzantinische Elemente auf, die wohl der etruskischen Kunst entlehnt sind. Es lassen sich zum Beispiel mythologische Tiere erkennen, die frappierend jenen Fabelwesen gleichen, mit denen die Etrusker ihre Sarkophage schmückten.
Die Fresken der Kirche wurden von Malern mit unterschiedlicher Ausbildung vom 14. bis 16. Jahrhundert erstellt. Darum zeigen die Fresken mehrere Stile. Die wichtigsten sind in der ersten Seitenkapelle links und in der Anfang des13. Jahrhunderts gebauten Verlängerung der Kirche. An der Eingangswand rechts vom Portal sind im ersten Bogen die Geschichte und Wunder des Heiligen Nikolaus gemalt. Im zweiten Bogen sind Madonna und Heilige, sowei rechts unten Papst Urban IV. (derselbe, der das Fronleichnamfest stiftete) zu sehen. In der rechten Apsis erkennt man die Verkündigung (1575), in der mittleren Apsis ist Christus mit den Heiligen Paulus und Petrus, Martyrium des Heiligen Florian (16. Jhd.), linke Apsis Taufe Christi (16. Jhd.), im linken Seitenschiff neben der Apsis die Grablegung, Heimsuchung, Gottvater und Verkündigung.
Das Kuriosum der Kirche stellt das Grab des Johannes Fugger (oder auch De Fuk genannt) dar, dessen Grabplatte rechts vom Eingang sichtbar ist. Die Inschrift der Grabplatte, die der Diener seinem am Genuss des EST! EST! EST! Zugrunde gegangenen Herrn setzen ließ, lautet: „Est, Est, Est pr(opter) nim(ium) es hic Jo(hannes) De Fuk,“, was soviel heißt wie: Est, Est, Est, wegen allzu vielem Est ist mein Gebieter Johannes Fugger hier gestorben.
In der Mitte der Oberkirche ist eine große rechteckige Öffnung, die den Blick auf die Unterkirche freigibt. Der Papstthron Urbans IV. (aus dem Jahre 1262) befindet sich in der Mitte der Eingangswand der Oberkirche.
